Mexal è dotato di funzionalità integrate per la gestione completa della fatturazione elettronica sia verso la Pubblica Amministrazione sia tra privati. Grazie a queste funzionalità, il cliente si limita esclusivamente alla compilazione della fattura PA o B2B mentre tutto il processo è gestito da Passepartout con applicazione della firma digitale, emissione, trasmissione al SDI e conservazione digitale. Mexal gestisce inoltre il ciclo passivo della fatturazione elettronica B2B con registrazione automatica della fattura ricevuta in magazzino e contabilità. Mexal gestisce tutti gli obblighi inerenti alla Fatturazione Elettronica, ovvero: generazione del file .xml; firma e trasmissione; conservazione sostitutiva. Il processo di generazione è pienamente integrato nel normale ciclo attivo del programma senza inefficienze, post-elaborazioni o interventi manuali. Oltre ai campi obbligatori previsti dal tracciato XML, la Fattura Elettronica integrata nel software gestionale Mexal può gestire: righe descrittive nel corpo del documento; allegati; CIG e CUP; lotti; dati pagamento. E' integrata la ricezione degli ordini elettronici da enti del Servizio Sanitario Nazionale con relativo scarico di magazzino.